一九九三年八月二十日，杭州海關(guān)與金華市政府簽訂協(xié)議，金華市政府設立了海關(guān)籌建辦。一九九五年五月十二日國務院正式批準設立金華海關(guān)。同年十一月杭州海關(guān)設立了金華海關(guān)籌備處，十二月三日下午派人進駐金華，開始海關(guān)籌備工作。經(jīng)過一段時間的籌備，經(jīng)海關(guān)總署批準，于一九九六年九月廿四日開關(guān)。一九九七年六月十六日正式對外開辦業(yè)務。金華海關(guān)關(guān)區(qū)范圍為金華、衢州兩市的全部行政區(qū)域。

　金華海關(guān)為杭州海關(guān)隸屬單位，內(nèi)設機構(gòu)：辦公室、綜合業(yè)務科、監(jiān)管科、加工貿(mào)易監(jiān)管科、調(diào)查科、人教科，下轄金華海關(guān)駐義烏辦事處（副處級）,業(yè)務管轄范圍為義烏市、東陽市、浦江縣和磐安縣